Las certificaciones en sustentabilidad, permiten dar cuenta que la pesquería está bien gestionada. 

Sonapesca y sus asociados están desarrollando una seria de iniciativas para la sustentabilidad de los recursos marinos, en 2018 se logró certificar, bajo del programa Marine Stewardship Council, MSC, (la más estricta a nivel mundial), la pesquería del jurel, que reconoce la pesca sustentable a nivel mundial, convirtiéndose en la pesquería certificada más grande de Latinoamérica.

Este trabajo se suma logro obtenido por las pesquerías industriales de Camarón nailon, langostino amarillo y langostino colorado de las zonas centro norte y centro sur del país, la Merluza Austral de la zona sur, además del Krill de la zona antártica, bajo este mismo estándar, siendo líderes en la región respecto a certificaciones de sustentabilidad MSC.

En definitiva, se evalúa que se cumplan tres principios: Que la población de la especie objetivo esté saludable; el impacto de la actividades de pesca en el ecosistema; y que la pesquería está bien gestionada.

Además, hay que destacar que existen otras pesquerías certificadas bajo el sello IFFO-RS, como las de pequeños pelágicos de la zona norte de Chile (anchoveta, sardina y jurel).

Este compromiso se inició en en mayo de 2016 se dio inicio a un proceso de pre evaluaciones de las pesquerías nacionales declaradas en plena explotación bajo el régimen de licencias transables de pesca (anchoveta III-IV, Merluza común, merluza de cola, merluza de tres aletas, anchoveta y sardina V-X y congrio dorado) así también, se incorporó la jibia en dicho proceso.